Eine Fragestellung der Kriminologie erforscht im Rahmen der Institutionenforschung die verschiedenen gesellschaftlichen Organisationen, die sich mit Straftaten beschäftigen, wie z.B. der Polizei, der Rechtspflege und der Justizvollzugsanstalten. Unter anderem können hierbei auch die Behörden als Ganzes, die einzelnen Mitarbeiter und/ oder das Zusammenwirken beider ins Blickfeld gerückt werden, meist mit dem Ziel, zu einer effektiveren Gestaltung der inneren Organisation bzw. des Arbeitsablaufes beizutragen. In diesem Zusammenhang wurde auch erkannt, wie wichtig eine gute Zusammenarbeit zwischen aufeinander angewiesenen Behörden, gemäß den Erfahrungen aus wirtschaftswissenschaftlichen bzw. organisationspsychologischen Untersuchungen, ist.
Dieser Ansatz wurde bei der Kriminologischen Zentralstelle bereits 1992 in dem bundesweiten Forschungsprojekt zu den sozialen Diensten in der Strafrechtspflege aufgegriffen, bei dem insbesondere Aspekte der Koordination und der Kooperation der relevanten Dienste untereinander fokussiert wurden (KrimZ-Forschungsprojekt: Soziale Dienste in der Justiz).
In einem weiteren Projekt beschäftigte sich die Kriminologische Zentralstelle wiederum mit dem Themenfeld der Kooperation, allerdings diesmal zwischen den beiden Strafverfolgungsbehörden Polizei und Staatsanwaltschaft. Grundlage hierfür ist ebenso die erkannte Notwendigkeit, die Zusammenarbeit zwischen diesen Behörden zu optimieren und dafür auch durchaus neue Wege gehen zu müssen (KrimZ-Forschungsprojekt: Polizei und Staatsanwaltschaft).
Im Mittelpunkt einer seit Sommer 2008 laufenden Studie steht die Kooperation zwischen öffentlicher Jugendhilfe und Strafjustiz, dies speziell bei Sexualdelikten gegen Kinder. Dazu werden in einer ersten Stufe in Deutschland und den Partnerländern Österreich und Schweiz die Institutionen der öffentlichen Jugendhilfe mittels eines schriftlichen Erhebungsbogens befragt. Das Projekt zielt auf die Entwicklung eines Modellkonzeptes für solchermaßen interdisziplinäre Arbeitsbündnisse (KrimZ-Forschungsprojekt Jugendhilfe und Strafjustiz).

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